Uno de los principales problemas que presenta la religión evangélica en los colegios e institutos andaluces es la falta de docentes que impartan esta enseñanza. Los datos que maneja el CEAA muestran que en Andalucía hay 3.884 alumnos que reciben clase evangélica frente a una demanda de 4.724 solicitantes, lo que significa que existe un 17,79% de estudiantes a los que la administración autonómica no atiende en su petición de recibir unos conocimientos conforme a las creencias familiares.

El consejero de Educación del CEAA explica que la mayoría de estas solicitudes proceden de padres que son evangélicos, aunque también existen familias que optan por esta religión en lugar de la asignatura alternativa que suele ofrecerse en los centros públicos a la religión católica.

El principal problema que se encuentran muchas de estas familias es que en el momento de realizar la escolarización la religión evangélica no aparece en la oferta educativa del centro, uno de los requisitos a los que ahora obliga el convenio suscrito por el cual todos los colegios e institutos deben ofrecer esta posibilidad, que se irá materializando los próximos cursos según aumente la demanda, lo que obligará a la contratación de más profesorado.

José Manuel Marín asegura que desde 1993, cuando comenzaron las clases evangélicas de forma "marginal" se han encontrado con varios obstáculos, principalmente, por parte de los inspectores de Educación a la hora de organizar esta asignatura. "El mayor problema han sido los cuadros horarios. Para esta enseñanza existen pocos docentes que tienen que acudir a varios centros, muchos de los cuales se encuentran en distintos municipios y, a veces, tienen menos de media hora para ir de uno a otro", explica Marín, quien mantiene que es una forma de "obligar a que renunciemos a impartir nuestra religión en las aulas".

"Cuando insistimos, muchas veces llegan a amenazar a los padres que quieren que sus hijos aprendan la religión evangélica que si optan por ella obligarán a la dirección del colegio o instituto a suprimir horas de las materias esenciales como matemáticas, lengua o inglés. Ante tal coyuntura las familias optan por sacrificar nuestras enseñanzas", explica el consejero de Educación del CEAA. Sin embargo, esta "actitud" ha cambiado los últimos años.

Las horas de clase evangélica son las mismas que hay establecidas para la católica, esto es, una hora a la semana para el segundo ciclo de Infantil, para primero, segundo y cuarto de la ESO y para primero de Bachillerato, mientras que este horario se amplia en treinta minutos para los seis cursos de Primaria y para tercero de Secundaria.