Las razones para la profesión religiosa de Sánchez Cotán siguen siendo un misterio. En un estudio de la Universidad de Madrid, realizado por Fernando Negredo y Mª Cruz de Carlos Varona, sus autores lanzaban una pregunta: "¿Por qué un pintor de prestigio decidiría, habiendo rebasado los cuarenta años, ingresar en La Cartuja?" Ambos citan a Emilio Orozco, granadino estudioso de Sánchez Cotán. "Tan drástica decisión debió ser muy meditada: cuando hizo testamento antes de profesar, Cotán declaró tener todos sus enseres embalados y listos para su envío a Granada y dejar en el siglo una buena situación económica y un taller sin una sola deuda". El testamento que elaboró en agosto de 1603 era largo. Según cita Peter Cherry en la página del Museo del Prado: "En el inventario se citan un hábito franciscano y un rosario. Tenía pocos libros, pero uno de ellos era la segunda parte de Flos sanctorum de Alonso de Villegas (Toledo, 1584), una lectura piadosa popular y obra de consulta esencial para los pintores. La situación económica del artista parece haber sido desahogada; en su testamento no se mencionan deudas, prestó dinero a menudo y dejó instrucciones detalladas para el reparto de su herencia. El hecho de que uno de sus deudores fuera El Greco demuestra que se conocieron. Todo indica que Sánchez Cotán vivió en Toledo con comodidades; su casa estaba bien amueblada, con guadamecíes, un tapiz francés de figuras y escudos de armas en las paredes. También poseyó instrumentos musicales, un arpa y una vihuela, y un libro de música. Un autorretrato que había comenzado antes de salir de Toledo es hoy desconocido. El inventario de 1603 cita dos pinturas mitológicas de tema erótico, un Juicio de Paris y una copia de El rapto de Europa, de Tizia­no (Isabella Stewart Gardner Museum, Boston), que acaso fueran de su mano. Sánchez Cotán aceptó encargos de pinturas religiosas para iglesias. De unas sesenta pinturas reseñadas en ese documento, la mitad eran de asunto religioso, once retratos y sólo nueve bodegones. A juzgar por eso, las pinturas devotas de caballete serían una producción básica del artista, generalmente imágenes piadosas de la Virgen y santos más que escenas narrativas. Las que realizó en Toledo presentan un estilo de figuras plenamente formado, refinado y dulce, derivado de los pintores de la escuela de El Escorial, que se mantuvo virtualmente inalterado a lo largo de su carrera (...)". Es posible simplemente pensar en la cierta conversión del artista como razón para consagrarse a la religión. Casualmente, el claustrillo recién terminado de La Cartuja "estaba pendiente de decoración pictórica". De su pintura religiosa se conservan en Granada obras como Conversión de San Bruno durante el funeral de Raimundo Diocres o Descurtizamiento de los religiosos cartujos. A través de ellas, Sánchez Cotán contó la historia de la Orden de La Cartuja.