La Cámara de Cuentas de Andalucía ha pedido a las universidades andaluzas que adopten medidas para una mayor racionalización de los órganos de representación y los procesos electivos, para "hacer más ágil los procedimientos de decisión, conseguir mayor profesionalización y una mayor transparencia de la gestión y su control".

En el informe de Fiscalización de las cuentas rendidas por las universidades públicas de Andalucía, correspondiente al ejercicio 2012, el ente fiscalizador precisa que el presupuesto inicial agregado de las universidades de Andalucía fue de 1.798,39 millones, un 2,80% superior a 2008. A lo largo de 2012 se ha modificado en un 40,54%, obteniéndose un presupuesto definitivo de 2.527,44 millones. El informe ha apuntado una serie de "limitaciones" para realizar el análisis de la eficacia, eficiencia y economía de la gestión docente, como es el hecho de que "ninguna universidad andaluza disponía de un sistema de gestión y control de costes"; o el hecho de que "durante el periodo examinado han concurrido distintos planes de estudios diferentes, con una información ausente de homogeneidad, con numerosas incoherencias y de enorme provisionalidad". Ante tales circunstancias, el ente fiscalizador no ha querido obtener resultados sobre el coste de la gestión docente, "al presentar inconsistencia y débil razonabilidad".

El informe apunta una serie de conclusiones, como "ausencia en la Ley Orgánica de Universidades (LOU), en la Ley Andaluza de Universidades (LAU) y en el resto de normativa de regulación de la enseñanza superior no presencial", por lo que se insta a la Junta a que la regule.

El ente fiscalizador ha indicado que "salvo la UJA de forma parcial y limitada, el resto de universidades no soportan sus presupuestos anuales con un detalle de los programas por objetivos, actividades o recursos", por lo que recomienda la elaboración de fichas de programas que definan objetivos, actividades, recursos humanos y financieros, magnitudes de medición e indicadores, vinculados a presupuestos y plan estratégico.

El informe apunta la falta de regulación respecto al plazo que ha de transcurrir desde que la Junta recibe las cuentas rendidas por las universidades hasta que estas son remitidas a la Cámara de Cuentas; y añade que aún no se ha llevado a cabo el Plan General de Contabilidad adaptado a las universidades, aunque aparece en la LOU y la LAU.

Este informe indica diversas incidencias en cuanto a la información que debe contener y presentar las cuentas anuales de las universidades y de sus entidades dependientes; así como se advierte de "ciertas debilidades de control".