El Juzgado de Instrucción número 6 de Sevilla, en base a un informe de la Fiscalía y a la resolución de la Audiencia Provincial de Sevilla (que rechaza el recurso de los investigados) ha decidido mantener la imputación de Francisco Cuenca investigado por posibles delitos de usurpación de funciones públicas, prevaricación y malversación de caudales públicos durante su etapa como delegado de Innovación de la Junta de Andalucía. Lo hace al considerar que la investigación arroja múltiples indicios de su participación en un plan concertado entre diferentes responsables de la Junta de Andalucía en los años 2010 y 2011 para adjudicar irregularmente a empresas creadas a tal efecto contratos para el control de cursos de formación pagados por la administración autonómica.

El juez de instrucción de Sevilla resuelve así una petición de archivo formulada en 2017 por el actual alcalde de Granada que por aquel entonces era delegado provincial de la Consejería de Economía e Innovación de la Junta de Andalucía. La investigación se abrió en 2013 y surgió a raíz de la denuncia interpuesta por el Sindicato Andaluz de Funcionarios (SAF).

La investigación se abrió en 2013 tras una denuncia del Sindicato de Funcionarios (SAF)

El alcalde siempre ha defendido su inocencia y ha pedido tranquilidad a los granadinos

En el auto, donde decide mantener la imputación de Cuenca por los indicios delictivos aparecidos durante la investigación judicial y policial de los últimos años, el juez ordena tocar nuevas diligencias y pesquisas para determinar las responsabilidades concretas de los imputados. Además acuerda la citación de nuevos investigados, entre los que se encuentran algunas de las personas que estaban detrás de las empresas a las que la Delegación de granada (con Cuenca como máximo responsable) adjudicó los contratos de supervisión de los cursos de formación en la provincia. Los investigadores ponen en duda, incluso, que esas empresas llegaran a realizar las tareas asignadas y pagadas.

En concreto, según consta en los autos, Francisco Cuenca en calidad de delegado "habría efectuado la ilícita contratación de los servicios de seguimiento, control y verificación de la ejecución de los cursos de Formación Profesional para la Economía Social de Granada durante los ejercicios 2010 y 2011 llevándose a cabo la adjudicación directa de los servicios a través de dos instrumentos calificados como memoria justificativa". Éstos, estarían articulados como un contrato menor de servicios y en los que no se distingue a qué cursos deben destinarse los servicios contratados; sin que conste como tal el contrato administrativo; concertándose ambos de manera fraccionada y consecutiva con el siguiente valor económico: 12.412 euros (IVA incluido) el contrato menor de 2010 y 12.000 el correspondiente a 2011. "Atribuyéndose así la detentación de funciones públicas a empresas contratistas Eca Grupo Bureau Veritas y CRL Consultores y Asociados S.C.A. de forma injusta y arbitraria". Detentación que, "se habría materializado en el empleo de documentación administrativa consistente en modelos de actas e informes oficiales posteriormente presentados ante la administración por las entidades contratistas en el ejercicio de las funciones encomendadas y atribuidas". También la U. O. P. J. de la Comandancia de la Guardia Civil de Sevilla ponen de manifiesto irregularidades en el proceso de contratación del que cabe deducir la arbitrariedad y falta de justificación del mismo" y se observa un posible fraccionamiento del contrato con la finalidad de "disminuir la cuantía del mismo y eludir los requisitos de publicidad o relativos al procedimiento de adjudicación".

Desde que se tuvo conocimiento de la investigación, Francisco Cuenca ha defendido su inocencia y pedido tranquilidad a los granadinos. En una comparencia celebrada el 25 de octubre 2016 reiteró que esta denuncia no tiene nada que ver ni con corrupción ni con cursos de formación. Asimismo, destacó que desde la administración " se traslada una instrucción y que hay un sindicato que entiende que ese seguimiento debería haberse realizado por parte de funcionarios públicos".