Terminada la 'Edad del Hielo, hace apenas unos 10.000 años, con la retirada progresiva de los hielos quedaron al descubierto un conjunto de estructuras de sobreexcavación en lo alto de las montañas como los circos glaciares, (que aquí denominamos 'corrales'), cubetas, hoyas y otras depresiones donde quedaron retenidas las aguas del deshielo que darían lugar a la formación de las lagunas de origen glaciar que contemplamos en la actualidad. Estos fenómenos fueron generalmente de baja intensidad en Sierra Nevada dadas las características de nuestro macizo y su latitud, por lo que estas formaciones han quedado a cotas muy elevadas. Como las cuencas vertientes eran pequeñas y de modesta entidad los cuencos, no se generaron, a diferencia de otros sistemas montañosos, lagos propiamente dichos, con grandes profundidades. Por el contrario son muy numerosos habiéndose inventariado 74 lagunas y lagunillos de diferente entidad.

Las lagunas y lagunillos de Sierra Nevada se encuentran en un área relativamente reducida (unas 10.000 hectáreas) en cotas superiores a los 2.600 metros entre el Pico del Caballo, el tresmil más al sur y más occidental, y el Picón de Jérez, el pico por encima de esta altitud situado más al norte y más oriental, (si exceptuamos las excéntricas y efímeras Laguna Seca, a los pies del Chullo, y la Laguna del Puerto de Trevélez).

Las lagunas y lagunillos de los Valles del Genil y del Dílar corresponden a la cuenca hidrográfica del Guadalquivir (Atlántica) y las del Monachil, Dúrcal, Lanjarón y Trevélez corresponden a valles mediterráneos.

La laguna más alta de Sierra Nevada es la del Corral del Veleta (3.086 m.) y las más bajas están situadas entre los 2.600-2.700 metros, lagunas de los Lavaderos de la Reina, del Carnero, Lagunillo Misterioso o la del Puesto del Cura. La superficie de la mayoría es muy reducida, destacando la Laguna de la Caldera con 25.000 metros cuadrados y la Laguna-Embalse de las Yeguas que tiene unos 32.000 metros cuadrados. Por su longitud destaca Laguna Larga con unos 270 metros en su lado mayor, la Caldera (202 metros.) y Laguna Hondera (160 metros). Los perímetros más largos corresponden a estas mismas lagunas, 671, 600 y 472 metros respectivamente.

La profundidad de las lagunas de Sierra Nevada es muy variable. Las más hondas no llegan a superar nunca más allá de los 10 metros en los momentos de mayor volumen.

Por lo que respecta a su tipología, la mayoría son de circo y abiertas con emisario normalmente temporal, aunque algunas como la Laguna del Mulhacén, más conocida como La Mosca, lo mantienen activo durante todo el verano. Menos numerosas son las de tipo cerrado, endorreicas o sin emisario como la de Vacares, famosa por sus numerosas y fantásticas leyendas.

En cuanto a las formas son muy variadas predominando las circulares y elípticas aunque tenemos el caso de la Laguna Cuadrada en el valle del río Lanjarón que se aparta del patrón o la Laguna Hondera cuyo perímetro desde arriba asemeja la silueta de un perro (de ahí que su emisario sea conocido como río Culo de Perro).

Las lagunas de Sierra Nevada gozan de una protección especial ya que están incluidas en Parque Nacional, y dentro de él, en las zonas que cuentan con la máxima calificación, como Zonas de Reserva, que sólo alcanza un 0,5% de todo el territorio. Tienen esta especial consideración en los parques nacionales, de acuerdo con la legislación básica del Estado, aquellas áreas que, "al contener valores naturales de primera magnitud por su rareza, fragilidad, biodiversidad o interés científico, requieren el máximo grado de protección".

En el Plan de Ordenación de los Recursos Naturales de Sierra Nevada (PORN), aprobado en 2011, se incluyeron en esta categoría la superficie cubierta por la lámina de agua de todas nuestras lagunas además de algunas zonas de alto interés forestal como el Barranco del Espinar (Monachil), el robledal de la Dehesa del Camarate, (Lugros) o el Barranco de los Alisos, en el valle del río Dúrcal.