Durante su etapa como directora del Legado Andalusí, Marina Martín Jiménez resultó implicada en uno de los casos judiciales más importantes de la etapa de Gobierno socialista en Andalucía, el de los cursos de formación, aunque en relación a su anterior cargo como delegada de Empleo en Granada. Martín fue una de las personas investigadas en esta causa que inició la jueza Mercedes Alaya y llegó a ser detenida dos veces en 2015 durante dos operaciones policiales casi seguidas, que se saldaron con decenas de arrestos. Esto provocó que desde el PP pidiesen su destitución o dimisión como directora del Legado Andalusí, aunque el asunto no tuviera nada que ver con el desempeño de su labor en ese cargo, pero sí se trataba de una responsabilidad encomendada por el Gobierno andaluz por razón de confianza de los cargos políticos de aquel momento. 

La jueza Alaya acusó a la cúpula de la Consejería de Empleo de diseñar un sistema para evitar el control sobre los cursos de formación que impartían las empresas con fondos públicos.

Tras año y medio de investigación judicial, en octubre de 2016, la jueza María Núñez Bolaños ordenó el sobreseimiento de la pieza política, en la línea de lo solicitado por la Fiscalía, de modo que Marina Martín –como el resto– quedó absuelta de forma provisional. Pero un recurso del Partido Popular, resuelto con mucha tardanza e impugnado por la defensa de la propia Marina Martín, ha propiciado la Audiencia Provincial de Sevilla ordenara en julio pasado la reapertura de esta pieza y la práctica de nuevas diligencias de investigación. La socialista granadina, como el resto de investigados, vuelve a estar en el punto de mira de esta causa penal.

La decisión de la Audiencia sobre la reapertura del caso se notificó sólo unos días antes de que la ex delegada de Empleo granadina y anterior directora del Legado presentara su demanda de despido en el juzgado para reclamar una indemnización mayor o una plaza en el organismo público.  

Al igual que el exalcalde de Granada y edil socialista Paco Cuenca, la actual alcaldesa de Chauchina mantiene su cargo público pese a la investigación penal que, también en ambos casos, se tramita en el Juzgado de Instrucción 6 de Sevilla. Su titular, Núñez Bolaños, se encuentra de baja y el juez de refuerzo José Ignacio Vilaplana, el mismo que acaba de procesar a Cuenca por otro caso juducial relacionado con su labor como delegado de Economía, ha asumido la pieza política (principal) de los curso de formación, en la que Marina Martín es investigada.